Помимо коллекции Музея истории в университете существуют коллекции на факультетах.
Формирование каждой коллекции прошло свой путь. Предметы в коллекции попадали и от частных лиц, и из различных учебных заведений. Но благодаря энтузиастам-хранителям коллекции выдержали испытания революций и войн, пожаров и наводнений. Ценность коллекций состоит и в том, что они широко используются в учебной, научной, просветительной деятельности: при проведении учебных занятий и практик, в исследовательских проектах, в работе «малых факультетов», при проведении экскурсий для школьников и абитуриентов, в ходе участия факультетов в общеуниверситетских и городских мероприятиях и фестивалях.
Всего в университете 7 тематических коллекций: музей РГПУ им. А.И. Герцена, коллекция кафедры анатомии и физиологии человека и животных факультета биологии (Анатомический музей), коллекция кафедры зоологии факультета биологии (Зоологический музей), коллекция кафедры зоологии факультета биологии (Зоологический музей), коллекции кафедры ботаники и экологии факультета биологии (Ботанический музей), коллекции кафедры геологии и геоэкологии факультета географии (Геологический музей им. академика А. Е. Ферсмана), коллекция кафедры дошкольной педагогики Института детства, историческая экспозиция Института народов Севера (ИНС).
Музей университета был учрежден на основании решения Ученого совета Приказом МП РСФСР №5/п от 19.07.1974 г. Основой для создания музея стали материалы «Комнаты боевой славы», которые собирались с 1960-х гг. ХХ в. и в дальнейшем стали его «золотым» фондом.
Экспозиция музея «От Воспитательного дома до сегодняшнего дня: годы и судьбы» строится в хронологической последовательности, раскрывая историю университета через судьбы его ученых и студентов. В залах музея представлена история Императорского училища глухонемых (1806–1917), экспонаты по истории Воспитательного дома (1797–1917) и учебных заведений, созданных на его базе: Сиротского института (1837–1917), Учительской семинарии (1864–1917), Александринского сиротского института (1843–1917), Женского педагогического института (1864–1917).
Музейная экспозиция широко отражает студенческую жизнь Императорского женского педагогического института. Это учебники, фотографии, документы, альбомы и др. Представлена учебная мебель конца XIX в.–начала XX в. Период 1918–1920 гг. в витринах музея представлен артефактами: афиши, объявления, фотографии, студенческие книжки, свидетельства об окончании учебных заведений, учебники, личные вещи. Среди них предмет непременного быта студенческой жизни – чайник. И точно такой же чайник мы видим на фотографии студенческой бытовой коммуны. В разделе, посвященном 1930-м гг., посетители могут увидеть служебную записку академика И. В. Курчатова, который в те годы был заведующим кафедрой физики.
Особо выделяется раздел экспозиции, посвященный периоду Великой Отечественной войны. Здесь, помимо фотодокументов, дневников, выставлен гипсовый бюст профессора П. Г. Сутягина, в годы войны служившего в разведке (скульптор Л. Кербель, 1944)
Хронологическая последовательность истории университета неразрывно связана с историей города и страны. В витринах представлены материалы об участии герценовцев в освоении целинных земель в Казахстане, в студенческих строительных отрядах, археологических и геологических экспедициях. Экспонаты рассказывают о работе в школе и над научными открытиями. Посетители видят личные вещи ученых и студентов, фотографии выпускников. Международные связи университета представлены многочисленными подарками делегаций и посетителей музея.
В фонде музея хранятся разнообразные документы, книги, нумизматика, предметы быта, интерьеров и др. Уникальные материалы хранят личные фонды ректора и чл.-кор. АПН СССР профессора А.Д. Боборыкина (1916–1988); выдающегося филолога чл.-кор. АПН РСФСР профессора Е. Н. Петровой (1887–1961); профессоров-филологов И. В. Арнольд (1908–2010), Н.П. Гринковой (1895–1961); чл.-кор. АН СССР Ф. П. Филина (1908–1982); методистов в области естествознания П. И. Боровицкого (1896–1966), С. А. Павловича (1884–1966); дейст. члена АПН РСФСР химика В. Н. Верховского (1873–1947); историка В. Н. Бернадского (1890–1959); педагогов Е. Я. Голанта (1888–1971); дейст. члена АПН СССР И. П. Иванова (1923–1992); В. Н. Сорока-Росинского (1882–1960); географов дейст. члена РАО СССР А. В. Даринского (1910–2002), Н. Н. Иванова (1906–1959), Б. Н. Городкова (1890–1953) и др.
Фототека музея хранит снимки известных фотографов: К. К. Буллы, К. Штегемана, И. А. Оцупа, Т. Любичче, И. Феофанова и др. Также в музее хранятся документы и фотографии с автографами известных ученых, композиторов, писателей, спортсменов: П. Ф. Лесгафта, В. М. Бехтерева, И. И. Толстого, В. А. Догеля, П. Ф. Каптерева, С. В. Михалкова, О. Ф. Берггольц, Л. И. Егоровой и др.
Обращает на себя внимание кабинетная бронзовая скульптура малых форм: «Давид-победитель» (уменьшенный оригинал скульптуры М.-Ж.-А. Мерсье, выполнена на бронзолитейной фабрике Ф. Барбецьена (Франция) по специальной технологии, что подтверждает патентное клеймо «Reduction mecaniigue. A. Collas Brevete»); скульптура «Петр 1» (уменьшенная копия памятника Петру 1, установленного в 1915 г. в Полтаве на средства Петровского Полтавского кадетского корпуса (скульптор А. Г. Адомсон)).
Интересна история появления в экспозиции каминных мраморных часов ступенчатой формы, принадлежащих семье К. Д. Ушинского. Часы были подарены университету в 1974 г. Е. Т. Желтоножской, ранее проживавшей в г. Новгород-Северском Черниговской области, где находилась усадьба Ушинских.
В музее хранится портрет Александра Ивановича Герцена (1812–1870), чье имя носит университет с 1920 г. Портрет выполнен в 1948 г. известным живописцем, графиком В. М. Измайловичем (1872–1959). В. М. Измайлович писал портреты многих известных людей своего времени: П. И. Чайковского, А. В. Луначарского, А. А. Жданова, С. И. Вавилова, а также один из первых портретов В. И. Ленина.
Интересна коллекция выпускницы 1914 г. Николаевского сиротского института Людмилы Владимировны Сорокиной: открытки с видами института, аттестат об окончании, выпускной серебряный знак, фотографии воспитанниц института.
Музей располагает мемуарным фондом, постоянно пополняющимся и включающим в себя воспоминания преподавателей и студентов XIX–XX вв.
Музей университета посетила Марина Сергеевна Андронова. В дар университету она преподнесла две картины, ранее принадлежащие ее деду, Щербакову Александру Ильичу. А.И. Щербаков был ректором ЛГПИ им. А.И. Герцена в период с 1953 по 1964 гг. Александр Ильич наш выпускник 1931 года, профессор, заслуженный деятель науки РСФСР, долгие годы заведовал кафедрой психологии. Он – участник Великой Отечественной войны, награжден многими орденами и медалями, в том числе – медалью К.Д. Ушинского. Картина «А.С. Пушкин на даче А.О. Смирновой-Россе» ему была подарена в 1962 году художником-графиком, профессором, заведующим кафедрой изобразительного искусства Николаем Александровичем Павловым (1899–1968), а картина «Ветряный день» со словами благодарности была преподнесена в 1986 году доцентом Борисом Федоровичем Борзиным (1923–1991). Искренне благодарны Марине Сергеевне за ценный дар. Картины, несомненно, займут достойное место в экспозиции музея.
3 ноября 2023 года гостями нашего университета стали учащиеся 7 класса Муниципального бюджетного общеобразовательного учреждения "Гимназия №1" (Нижний Новгород). Экскурсанты познакомились с историей Герценовского университета, интерьерами дворца Разумовского и современными аспектами деятельности вуза. В завершении экскурсии класс гимназистов передал в дар музею на постоянное хранение книгу "Мы из блокадного Ленинграда" с дарственной надписью "На память из Нижнего Новгорода МБОУ "Гимназия №1" Синяева Евгения Юрьевна.
В сентябре 2023 года музее проходили практику магистранты 1 курса (заочное отделение) Института философии человека по направлению «педагогическое направление», профиль «культурологическое образование». Они изучали и составляли опись материалов Т.Д. Залыгиной, выпускницы физико-математического факультета 1955 года. Тамара Дмитриевна много лет отработала в школе, ее труд был отмечен правительственными наградами. Фонд недавно был передан в дар университету ее родственниками.
